方法的正确和方向的正确同样重要，深化改革开放离不开正确方法论的指导。习近平同志强调，必须从纷繁复杂的事物表象中把准改革脉搏，把握全面深化改革的内在规律，特别是要把握全面深化改革的重大关系，处理好解放思想和实事求是的关系、整体推进和重点突破的关系、顶层设计和摸着石头过河的关系、胆子要大和步子要稳的关系、改革发展稳定的关系。

全面深化改革开放既要强调解放思想，也要符合现实要求。思想是不是解放，并不是单纯看思想是否“新颖”，而是要看能否解决实际问题。全面深化改革开放面对的是新国情，需要的是新理念、新做法。如果以“发展是硬道理”为名搞违背科学发展的“唯GDP论”，以“效率优先”为名损害社会公平正义，以“市场化”为名规避必要的政府宏观调控和微观规制等等，就偏离了解放思想的内在要求。深化改革开放，既不能打着解放思想的旗号，提出一些不切实际的发展目标和要求，沉溺于“形象工程”和“政绩工程”，也不能因片面强调局部因素和自身困难，使改革方案过多地考虑个别部门或小群体利益，进而侵蚀公众利益和全局利益。

全面深化改革开放既要重视整体推进，也要重视突破重点领域的关键问题。当前，我国正处于经济社会发展转型的关键时期，现实中的问题千头万绪，各种深层矛盾错综复杂，过去的单项突破或局部突进的改革方式已经无法适应新形势的要求。要做到改革不停顿、开放不止步，就必须增强改革的系统性、整体性、协同性。要在深化改革开放中做到没有“自留地”、只有“责任田”，就要特别注意防止出现两种倾向：一是因强调整体推进而错失推进重点领域改革的良机；二是以时机不成熟、条件不具备等为理由，使深化改革开放的政策措施延误，无法真正贯彻落实。

全面深化改革开放既要注重顶层设计，也要注重摸着石头过河。注重顶层设计的目的，是确立深化改革开放的正确方向和科学路径。这可以有效防止出现全局性错误，或造成范围较大的不良后果。顶层设计需要通过系统的总体规划来体现，以保证其具备更强的现实针对性和可操作性。因此，在深化改革开放总体规划中需要制定明确的路线图和时间表，避免在实施过程中相互扯皮、拖延不决。顶层设计与基层具体探索在根本上是一致的。顶层设计科学合理，可以更好地为具体领域的改革开放明确方向和指明路径；摸着石头过河，摸得好，也可以加快顶层设计目标的实现。当然，鼓励各地各领域的先行试验和大胆突破并不是主张各搞一套，而是在深化改革开放的总体格局下增强系统性、整体性、协同性。

全面深化改革开放既要鼓励敢闯敢干，也要权衡得失、稳妥推进。应当看到，邓小平同志当初强调“胆子要大一些”、“有错误就赶快改，小错误不要变成大错误”，主要是针对社会上对改革的质疑来说的。对于我们经过摸索、得出经验和已经确定的改革措施，看准了以后可以胆子大一些，减少不必要的争论；而对于那些没有看准或者还在试验的改革措施，则要综合考虑各方面的成本和社会的承受力，稳步推行。必须指出，当前一些城市和地区在片面追求速度、搞“形象工程”上胆子很大，从短期看也取得了一些成效，但从长期看发展的步子未必很快，反而可能导致产能过剩、社会矛盾丛生。另一方面，回避矛盾、讳言改革，在深化改革上谨小慎微、缩手缩脚，同样不利于经济社会又好又快发展。

全面深化改革开放必须处理好改革发展稳定的关系。改革是为了实现更好更健康的发展。面对国内外复杂多变的形势，只有加快改革和扩大开放才能抢占先机，把握主动权。发展问题解决了，可以增强社会对改革开放的信心，有利于保持社会稳定。但如果改革问题处理得不好，也会影响发展，甚至会影响社会稳定。如何处理改革发展稳定的关系，是一个长期存在的大问题。特别是近年来，我国财富和收入分配有所失衡，对社会稳定和可持续发展构成挑战，需要花大力气予以解决。